DNA指纹分析揭示灵芝的“血缘”关系
长期以来，真菌分类学家从宏观的子实体颜色、形状、大小或微观的担孢子形态与各部组织中的菌丝组成与排列方式等特征对灵芝进行分类。实践证明，仅凭形态特性来鉴定灵芝，其结果并不可靠，存在同名异种或同种异名现象。如能配合现代分子生物学鉴定系统，对灵芝菌株的遗传特性进行分析，则可使灵芝的分类更为准确。
我国药典规定可入药的灵芝有赤芝(G.lucidum)和紫芝(G.sinense)，国家食品药品监督管理局公布的可用于保健食品的真菌种目录中也仅有赤芝、紫芝和松杉灵芝(G.tsugae)。但是，在生产实践中栽培菌株相当混乱，同名异种或同种异名现象严重，不仅影响灵芝产品的质量，也影响对灵芝的药理或临床研究的评价，如误把松杉灵芝当做赤芝，生产出的产品被错当成赤芝的产品，用此产品进行的药理或临床试验结果也被误认为是赤芝的结果，一旦发表更会贻害无穷。
有学者曾对国内30个灵芝菌株进行DNA指纹分析，以确定它们之间的亲缘关系。30个供试灵芝菌株中原名树舌灵芝(G.applanatum)1株、薄盖灵芝(G.capense)1株、灵芝(赤芝，G.lucidum)17株、日本灵芝(G.japonicum)1株、松杉灵芝(G.tsugae)2株、Ganoderma sp.1株、台湾灵芝(G.formosanum)1株、黑灵芝(G.atrum)1株、紫芝(G.sinense)1株、泰山灵芝(G.shandongense)1株、三明灵芝(G.sanmingense)1株。经综合分析基因组DNA的结果表明，供试的灵芝菌种大部分是赤芝(17/30)，其次是紫芝(6/30)和松杉灵芝(4/30)，另三种尚难定论。研究结果还发现灵芝栽培菌种取名混乱，特别是赤芝和松杉灵芝混淆严重，存在同名异种或同种异名现象。